Machado Genomics

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Photo: Furukawa, Neide Makiko

Software de código aberto, voltado à comunidade de bioinformática que possibilita aos usuários o armazenamento, a busca e a visualização de dados biológicos, constituindo-se num importante ferramental em programas de melhoramento genético. Para sua constituição e funcionamento, o software Machado Genomics utiliza de duas ferramentas principais: o framework Django (possibilita que usuários desenvolvam novas funcionalidades com agilidade) que interage com bancos de dados Chado, de licença GPL e que condiciona o Machado a também se constituir num software livre. A linguagem de programação é o Python. O Machado Genomics contém ferramentas para carregar os principais formatos de arquivos de dados biológicos (fasta, gff, obo, bibtex, interproscan, orthomcl) e uma API para fornecer dados diretamente para o navegador de genomas Jbrowse. Dessa forma, o ativo permite aos grupos de pesquisa, armazenar dados genômicos, além de oferecer buscas responsivas com navegação, consulta e visualização.

Product: Software Launch year: 2021

Country: Brazil Region: Central-West, Northeast, Southeast State: Distrito Federal, Goiás, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Alagoas, Bahia, Ceará, Maranhão, Paraíba, Pernambuco, Piauí, Rio Grande do Norte, Sergipe, Acre, Amapá, Amazonas, Pará, Rondônia, Roraima, Tocantins, Espírito Santo, Minas Gerais, Rio de Janeiro, São Paulo, Paraná, Rio Grande do Sul, Santa Catarina Biome: Amazon Rainforest, Cerrado, Atlantic Rainforest, Caatinga, Pampa, Pantanal

Responsible Unit: Embrapa Digital Agriculture

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