PlantAnnot

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Photo: ALVES, Lilian

O “Plant Co-expression Annotation Resource” (PlantAnnot), é um sistema desenvolvido para encontrar proteínas que não têm nenhuma anotação ou função atribuída (PUFs, ou Proteínas de Função Desconhecida) e que podem estar envolvidas com mecanismos moleculares relacionados a estresses abióticos em plantas (calor, seca, desidratação e estresse osmótico). O sistema, construído a partir de outro ativo da Embrapa (Machado Genomics), agrega ortologia, redes de coexpressão e dados genômicos para filtrar os genomas de 53 plantas (baixados do Phytozome e NCBI) e selecionar PUFs candidatas para essas características. Como não há informações sobre a função de PUFs, uma maneira de inferir a função é vincular PUFs a outras moléculas usando grupos de ortologia usando um algoritmo de associação “por culpa” (guilt by association). Desta forma, membros de um determinado grupo ortólogo que já possuem anotação e / ou têm domínios de proteínas caracterizados, podem ser usados como um proxy para inferir a função para as proteínas PUF por associação.

Product: Software Launch year: 2021

Country: Brazil Region: Central-West, Northeast, Southeast State: Distrito Federal, Goiás, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Alagoas, Bahia, Ceará, Maranhão, Paraíba, Pernambuco, Piauí, Rio Grande do Norte, Sergipe, Acre, Amapá, Amazonas, Pará, Rondônia, Roraima, Tocantins, Espírito Santo, Minas Gerais, Rio de Janeiro, São Paulo, Paraná, Rio Grande do Sul, Santa Catarina Biome: Amazon Rainforest, Cerrado, Atlantic Rainforest, Caatinga, Pampa, Pantanal

Responsible Unit: Embrapa Digital Agriculture

Participating Units: Embrapa Maize & Sorghum

Where to find:
 O PlantAnnot é acessado por meio da Plataforma AgroAPI da Embrapa - https://www.agroapi.cnptia.embrapa.br

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