Os projetos de pesquisa da Embrapa Agricultura Digital pautam-se pela visão estratégica voltada ao desenvolvimento de soluções de tecnologia da informação e comunicação, com a aplicação de métodos, técnicas e ferramentas computacionais - como sistemas de informação, inteligência artificial, visão computacional, aprendizado de máquina, blockchain e internet das coisas - para atender ao produtor rural, apoiar políticas públicas e o avanço do conhecimento. A Unidade está estruturada em três grupos de pesquisa:
- Bioinformática e Biotecnologia
- Computação Científica, Engenharia de Informação e Automação
- Modelagem Agroambiental e Geotecnologias