A transferência de tecnologias tem por objetivo fazer com que os resultados e produtos gerados pelas pesquisas alcancem o setor produtivo e a sociedade como um todo. Na Embrapa Agrobiologia isso é feito por meio de dias de campo para o público interessado, participação em feiras e eventos, instalação de unidades demonstrativas, divulgação de artigos técnicos em publicações especializadas e capacitação de multiplicadores, como agentes de assistência técnica e extensão rural e representantes de associações e cooperativas de agricultores.
Uma das principais vitrines da Unidade é a Fazendinha Agroecológica Km 47, iniciativa que conta com a parceria da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ), do Colégio Técnico da UFRRJ (CTUR) e da Empresa de Pesquisa Agropecuária do Estado do Rio de Janeiro (Pesagro-Rio), onde são ministrados cursos, eventos e também aulas do Programa de Pós-Graduação em Agricultura Orgânica, vinculado à UFRRJ. Também o trabalho desenvolvido no Núcleo de Pesquisa e Treinamento de Agricultores, em Nova Friburgo, é bastante pautado na transferência de conhecimentos e tecnologias para os produtores da região. A Embrapa Agrobiologia possui, ainda, o Centro de Recursos Biológicos Johanna Döbereiner (CRB-JD), que, dentre outras atividades, presta serviços para empresas interessadas na produção e no controle de qualidade de inoculantes.
