O Estatuto da Embrapa institui o Conselho Fiscal, com três membros efetivos. É um órgão da administração superior e, dentre suas competências, constam:
- acompanhar a execução patrimonial, financeira e orçamentária da Embrapa, com poderes para examinar livros, quaisquer outros documentos e requisitar informações;
- fiscalizar, por qualquer de seus membros, os atos dos administradores e verificar o cumprimento dos seus deveres legais e estatutários;
- analisar, mensalmente, o balancete e demais demonstrações financeiras elaborados pela Empresa; e
- opinar sobre o relatório anual de administração e sobre as propostas de alteração do capital social.
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